১৯৯৮ সালে অভিনেতা আরবাজ খানকে বিয়ে করেন মালাইকা। তাঁদের এক ছেলেও রয়েছে। কিন্তু ২০১৭-য় বিচ্ছেদ হয়ে যায় তাঁদের। অর্জুনের সঙ্গে সম্পর্কের জেরেই মালাইকা-আরবাজের সম্পর্ক ভেঙে গিয়েছিল বলে জল্পনা ছড়িয়েছিল ইন্ডাস্ট্রিতে। যদিও মালাইকা-আরবাজ দু’জনেই তা অস্বীকার করেন। বিচ্ছেদের পরও আরবাজের পরিবারের সঙ্গে নাকি সুসম্পর্ক রয়েছে মালাইকার। এর আগে একটি সাক্ষাৎকারে মালাইকা বলেছিলেন, তাঁর মনে হয় সকলেই জীবনে এগিয়ে চলতে চান। নিজের ভালোবাসার মানুষকে খুঁজে পেতে চান। আর যদি সেটা করা সম্ভব হয়, তা হলে সেই ব্যক্তি সত্যিই খুবই ভাগ্যবান। এই খুঁজে পাওয়ার অর্থ হল জীবনে দ্বিতীয়বার খুশি হওয়ার সুযোগ পাওয়া গেল।